Слои очень полезная вещь - если вы хотите, чтобы ваши работы были упорядочены.
По собственному опыту знаю лучше сразу создать структуру, сгруппировать и назвать слои, чем потом лихорадочно искать нужный объект. Также слои приходят на помощь если вы в своей иллюстрации планируете использовать фрагменты из других своих работ.  Например фон или элементы оформления.

Прочитать полную версию можно в блоге Записки Микростокового Иллюстратора

Не пропустите следующий урок: Прозрачность и стили графики

Marovaki.